普济殿创建於明永历年间，原为佛教寺庙，主祀观音菩萨，人称「普济寺」。普济殿因位於城外，而兼有「会馆」性质，经常供错过进城时间的商旅人士借住一宿。传闻曾有一同安人借宿，随身携带的池府王爷神像因故留祀寺内，没想到香火日盛，竟逐渐成为寺庙主神，使「普济寺」改称为「普济庙」。又，据闻宁靖王朱术桂经常游憩普济庙，故赐予「普济殿」之名。

康熙二十五年（1686年），普济殿初次重建落成，方向由坐南朝北改为坐北朝南；乾隆十一年（1746年），石文耀等人曾发起重修；嘉庆二十二年（1817年），石克缵等人再度发起重修，当时住持僧迩莲禅师，出钱购得普济殿右侧土地加盖偏殿，奠定一本殿一偏殿的基本规模。此後经历数次重修，却於日治时代末期，遭盟军轰炸，庙前拜亭毁损；民国三十四年，再次发起重修；民国六十三年，又再度重修，始成今貌。（节录自《王城气度》第廿二期）