1652年为荷兰人所建，初称为「普罗民遮城」，为行政商业中心。建筑为三座略为方形的台座相接而成，1886年改建成飞檐红瓦，有文昌阁、海神庙和蓬壶书院等，自创建之初迄今三百多年来，楼房之增修次数颇多，然其於台南市所办扮演之角色，却一直是十分重要。


　　现存之赤崁楼，由南面的庭园、北面之阁楼及西面蓬壶书院所组成，庭园草木扶疏，立有国姓爷受降之雕像，靠阁楼之墙基土，则立有九块石龟之御碑，其是移自於大南门城边，为清乾隆五十三年〔一七八八〕年赞赏平定林爽文之役之记功碑，碑以花岗石所雕，碑首雕双龙，碑文满汉各四边，二者合壁一篇，所有碑是立於状似石龟之贔屭上，其为九龙生子之一，生好负重，然由於其貌与龟无异，一般人均称之为〔龟碑〕。


　　现有两栋闽南式阁楼，是立於原普罗民遮城改建之基座上，原有城堡相当的小，上有主要建筑一座，南北则各有望楼，目前荷兰时期之城堡只遗留西面之门及东北角之残迹二处，从其中，可以清楚的看到砖材之叠砌，这些砖材来自於印尼爪哇岛，并以糯米汁、糖浆、砂与牡蛎壳之混合物为灰浆。


　　阁楼之中，海神庙位於南面，文昌阁位於北面，二者屋顶均是重檐歇山的表现，重檐之间实即为二楼部分，绕以绿釉花瓶栏杆。海神庙目前悬以〔赤崁楼〕门匾，内部当作赤崁楼之展示馆，东面之花瓶形门洞，相当别致。


　　文昌阁目前仍悬有沈受谦所题文昌阁匾，一楼亦做为展示之用，二楼则祀魁星，右手握朱笔，左手拿墨斗，一足踏鳖首，一脚踢星斗，以象徵独占鳌头之意。二栋建筑皆位於台基之上，台基中间均有龙形御路设置，墙面则开书卷形之窗户。


　　二楼阁中间现有一古井，传说中可通往热兰遮城，是真是假，留待游人自行想像。整座高起之基座周围，砌以砖造栏杆，南面之栏杆还立有可爱之小石狮。


　　南面基墙则砌以历代石碑甚多，西面庭园中亦布满石马、石陀与技勇石等历史文物。蓬壶书院之门厅是该书院留存较具原貌之清代建筑，面向西面，装修简朴，值得一览。